目前，政府采购工作已在我国全面铺开，但尚未形成一套完整可行的绩效评价体系。政府采购的绩效评估基本处于探索阶段，尚存在着很多问题。具体表现在以下几个方面：
(一)有关政府采购绩效评估的理论和实践研究不足
我国学术界和实务界有关政府采购绩效评估的理论和实践还处于探索阶段，目前对政府采购的绩效评估从基本概念、作用机理，操作原则、实施步骤等还没有形成共识，政府采购绩效的不同层次没有明确区分，对国外公共组织绩效评估的理念与实践也缺乏系统的介绍和研究。
(二)政府采购绩效评估的规范化程度不足
我国政府采购绩效评估存在的最突出问题是规范化程度明显不足。政府采购绩效评估多处于自发、半自发状态，没有相应的制度和法律作保障。目前，我国的《政府采购法》及国务院、财政部相关法规、办法等的规定中，没有对政府采购绩效评估作统一规划和指导，致使各地、各部门的政府采购绩效评估内容和侧重点不同，评估方法不尽相同，评估程序存在很大的随意性。因而结果很难做到客观、公正，有的甚至完全流于形式。在这些问题当中，缺乏制度化的评估标准，是开展政府采购绩效评估的主要障碍。
(三)从评估的参与者来看，存在评估主体缺位现象
我国政府采购绩效评估体制过于单一，政府采购绩效评估多以官方评估为主，缺乏社会公众对政府的评估;在官方的评估中，多是上级行政机关对下级的评估，缺乏政府机关(或部门)的自我评估。社会评估具有较强的约束和激励作用，但由于社会大众对信息资源尤其是对政府部门的内部业务和技术方面的信息掌握得不完全或不充分，因而就难免有所疏漏。自我评估由于受自我欣赏、自我认同等心理因素和利益驱动的影响，容易带有主观色彩。因此，应将各方评估结果综合起来考虑，使最终的评估结果更加公正、全面。
(四)政府采购绩效评估体系尚未建立
现有的制度条件下，常常采用财政资金的节约数，即推行政府采购后耗用的资金规模与改革前或同期市价相比的差额，作为衡量政府采购工作成效的主要指标。但仅使用单一指标无法全面反映政府采购的经济有效性目标。经济有效性是政府采购最基本和首要的政策目标，它是指以最有利的价格等条件采购到质量合乎要求的货物、工程、服务。在具有良好的质量、合理的价格的同时，还要注重政府采购的效率，要在合同规定的时间内完成招标采购任务，以满足使用部门的需要。反映采购工作的资金使用上的效果，必须建立一整套能够全面反映政府采购效果的指标体系，对采购工作进行监督和检查。
此外，政府采购绩效评估过程不公开，具有封闭性、神秘性，缺乏媒体监督。缺乏政府采购绩效评估的激励机制，不是把评估作为提高管理水平的正面措施，而是作为消极防御的手段。
延伸阅读：政府采购师协议供货制的优势
与其他采购方式相比，协议供货制有自身独特的优势：
一是可以节约资金。相对于各个部门的零星采购而言，协议供货制是由中央单位将零星采购集中起来，形成一个比较大的采购数量，从而对广大供应商产生一定的吸引力，使其积极参与并自降价格，这样对于广大的用户是非常有好处的。
二是减少供应商的销售成本。如果每一个需要产品的用户都独自采用政府采购的其他采购方式来进行采购，那么所有的供应商将疲于奔命，买相类似的标书，奔跑在不同的开标地点。这样一来，高额的销售成本给供应商带来的压力是可想而知的。
三是协议供货制以其规范的操作程序，使整个采购过程更加透明，更加规范。
四是便于采购管理监督部门对中标供应商的售后服务进行监督。同时，也有利于审计、监察部门对采购单位执行政府采购制度的情况进行检查。
五是节约采购机关的采购成本。无论采购数量大小，采购成本是一样的，不会随采购数量的大小而增减采购的环节。
总而言之，政府采购协议供货制是将采购效益与采购效率有机结合并找到最佳结合点的一种采购方式。
