3.全面预算缺乏战略导向性。全面预算与医院战略有着互动的关系，战略决定了全面预算，而通过全面预算的实施、反馈调整能够使各科室产生协同效应以保障既定战略目标的实现。可是目前许多医院并没有认识到战略在实施全面预算中的重要作用，甚至没有制定具体的战略目标，核心竞争力的培养和远景的预测往往也是止步不前的，在这样的前提下实施全面预算很容易导致医院只看重短期经营结果，忽视长期经营目标，最终使得短期的预算指标与长期的经营战略和规划发生冲突，各期制定的预算指标前后衔接不上，这样的预算管理不仅没有提高医院的经营水平，没有提升医院的竞争力，某种程度上还会影响长远发展，使其经营规划处于十分被动的地位。
4.全面预算的控制和考核机制不健全。实施全面预算考核是发挥预算约束与激励作用的必要措施，预算指标的完成往往是业绩评价的标准，为考核各科室经营绩效提供了重要依据。但是目前医院存在许多考核不力的现象，比如考核部门不明确、考核内容不具体、考核标准比较随意，这就导致了预算执行力度不够。此外，缺乏对预算执行效果的系统分析和改进措施，每年预算执行完毕，医院很少对全面预算的实施效果进行系统分析与总结就匆忙地进入下一年的预算执行，结果经营中的漏洞、费用发生的随意性等问题就会继续存在，如此反复，就违背了全面预算管理的初衷，使得预算资料准确性低，无法有效地为医院经营决策提供支持。这样不健全的预算控制和考核机制对医院来说是无益的，也会失去信心。
三、加强全面预算的改进措施
1.加深对全面预算的认识，强调全员参与。全面预算是医院建立自我约束、控制与发展的有效机制，能帮助医院优化资源配置、加强内部管理、提高经济效益。它是一种全员的管理活动，不仅是管理者的工作职责，还是员工的责任所在。医院应当加强宣传相关知识，树立全员参与意识，在参与中互动，通过较多的沟通了解减少信息的不对称带来的负面影响，从而达到预算管理的良好效果。
2.建立有效的全面预算组织。全面预算作为医院内部管理的重要方式，是个复杂的系统，要想充分发挥该系统的功能，使系统内各要素协调配合，建立健全有效的全面预算组织是有必要的。医院可以成立预算管理委员会来负责全面预算的组织、审批、协调等各项工作，加强领导、明确分工、落实预算的制定实施。预算管理委员会可以下设预算管理领导小组来负责医院日常预算事项的处理，还可以设置预算管理办公室专门用于组织领导预算工作，该办公室直接向预算管理委员会报告。全面预算不仅仅是财务部门的工作，还需要各职能部门的互相配合，因此这些预算组织机构要吸收各部门中熟悉医院总体战略规划、业务范畴、财务、预算的专业人员，保证预算实施的顺利有效。
3.实现以医院战略为导向的全面预算。全面预算是医院战略的重要组成部分，通过预算的实施、分析差距，能够不断强化自身特有的竞争优势，步步为营，进而实现具体的战略目标和长远目标。因此，应当制定具体的战略规划，实现战略与预算的对接，更好地为经营决策服务。医院管理者制定的战略要具有指导性和可操作性，要明确责任，切实做好分工，协调各部门工作，调动职工的积极性保证全面预算顺利有效实施。
4.建立健全的全面预算控制与考核机制。为了保障全面预算管理落实到位，达到应有的效果，建立与之适应的控制与考核机制是很有必要的。首先，在预算执行完毕后应该对实施的效果作系统的分析，对经营中的漏洞、费用发生的随意性等问题提出改进措施，避免这些不良现象的发生，提高预算资料的准确性，为决策提供有力的支持。其次，合理的预算考核体系能够有效地发挥预算的约束和激励作用，增强员工积极参与的信心。该体系应明确考核的部门、内容、标准、指标等事项，做到奖优惩劣，体现客观公正性、权威性。这种机制不仅将预算与实际执行的结果进行了比较分析，发现了问题，改进了工作，而且调动了员工的积极性，从而提高了医院的管理水平，确保了企业战略目标的最终实现。
