1.财务报表本身的局限性
财务报表是公司会计系统的产物。每个公司的会计系统，受到会计环境和公司会计战略的影响，使得财务报表会扭曲公司的实际情况。
会计的环境因素包括会计规范和会计的管理、税务与会计的关系、外部审计、会计争端处理的法律系统、资本市场结构、公司治理结构等。这些因素是决定公司会计系统质量的外部因素。会计环境的缺陷会导致会计系统的缺陷，使之不能反映公司的实际状况。会计环境的重要变化会导致会计系统的变化，影响财务数据的可比性。例如，会计规范要求以历史成本报告资产，使财务数据不代表其现行成本或变现价值;会计规范要求假设币值不变。使财务数据不按通货膨胀率或物价水平调整;会计规范要求遵循谨慎原则，使会计预计损失而不预计收益，有可能少计收益和资产;会计规范要求按年度分期报告，只报告短期信息，不提供反映长期潜力的信息等。
会计战略是公司根据环境和经营目标做出的主观选择，各公司会有不同的会计战略。公司会计战略包括决定会计政策的选择、会计估计的选择、补充披露的选择以及报告具体格式的选择。不同的会计战略会导致不同公司财务报告的差异，并影响其可比性。例如，对同一会计事项的账务处理，会计准则允许使用几种不同的规则和程序，公司可以自行选择，包括存货计价方法、折旧方法、对外投资收益的确认方法等。虽然财务报表附注对会计政策的选择有一定的表述，但报表使用人未必能完成可比性的调整工作。
由于以上两方面的原因，使得财务报表存在以下三方面的局限性：(1)财务报告没有披露公司的全部信息，管理层拥有更多的信息，得到披露的只是其中的一部分;(2)已经披露的财务信息存在会计估计误差，不一定是真实情况的准确计量;(3)管理层的各项会计政策选择，使财务报表会扭曲公司的实际情况。(考试可能性大)
2.财务报表的可靠性问题
只有根据符合规范的、可靠的财务报表， 才能得出正确的分析结论。所谓“符合规范”。是指除了以上三点局限性以外，没有更进一步的虚假陈述。外部分析人员很难认定是否存在虚假陈述，财务报表的可靠性问题主要依靠注册会计师解决。但是，注册会计师不能保证财务报告没有任何错报和漏报，而且并非所有注册会计师都是尽职尽责的。因此，分析人员必须自己关注财务报表的可靠性，对于可能存在的问题保持足够的警惕。
外部的分析人员虽然不能认定是否存在虚假陈述，但是可以发现一些“危险信号”。对于存有危险信号的报表，分析人员要进行更细致的考察或获取有关的其他信息，对报表的可靠性做出判断。
常见的危险信号包括：
(1)财务报告的形式不规范。不规范的报告其可靠性也应受到怀疑。要注意财务报告是否有遗漏，遗漏违背充分披露原则，很可能是不想讲真话引起的;要注意是否及时提供财务报告，不能及时提供报告暗示公司当局与注册会计师存在分歧。
(2)要注意分析数据的反常现象。 如无合理的反常原因，则要考虑数据的真实性和一贯性是否有问题。例如：原因不明的会计调整，可能是利用会计政策的灵活性“修饰”报表;与销售相比应收账款异常增加，可能存在提前确认收入问题;报告收益与经营现金流量的缺口增加，报告收益与应税收益之间的缺口增加，可能存在盈余管理;大额的资产冲销和第4季度的大额调整。可能是中期报告有问题，年底时受到外部审计师的压力被迫在年底调整。
(3)要注意大额的关联方交易。这些交易的价格缺乏客观性，会计估计有较大主观性，可能存在转移利润的动机。
(4)要注意大额资本利得。在经营业绩不佳时，公司可能通过出售长期资产、债转股等交易实现资本利得。(考试可能性大)
(5)要注意异常的审计报告。无正当理由更换注册会计师，或审计报告附有保留意见，暗示公司的财务报告可能粉饰过度。
3.比较基础问题
在比较分析时必然要选择比较的参照标准，包括本公司历史数据、同业数据和计划预算数据。
横向比较时需要使用同业标准。同业的平均数只有一般性的指导作用，不一定有代表性，不是合理性的标志。选一组有代表性的公司求其平均数，作为同业标准，可能比整个行业的平均数更有意义。近年来，更重视以竞争对手的数据作为分析基础。不少公司实行多种经营，没有明确的行业归属，同业比较更加困难。
趋势分析以本公司历史数据作比较基础。历史数据代表过去，并不代表合理性。经营环境是变化的，今年比上年利润提高了，不一定说明已经达到应该达到的水平，甚至不一定说明管理有了改进。会计规范的改变会使财务数据失去直接可比性，要恢复其可比性成本很大，甚至缺乏必要的信息。
实际与计划的差异分析，以计划预算做比较基础。实际和预算出现差异，可能是执行中有问题，也可能是预算不合理，两者的区分并非易事。
总之，对比比较基础本身要准确理解，并且要在限定意义上使用分析结论，避免简单化和绝对化。
