在税务处理上，企业应严格按照《增值税暂行条例》及其实施细则，财政部、国家税务总局《关于全国实施增值税转型改革若干问题的通知》(财税 [2008]170号)，财政部、国家税务总局《关于固定资产进项税额抵扣问题的通知》(财税[2009]113号)等法规执行。符合条件的固定资产进项税应抵尽抵，并建立已抵扣固定资产备查账，接受税务机关的抽查。
在具体会计实务中，应注意以下问题：
1.不是所有动产设备的进项税额都可以认证留抵。
能抵扣进项税额的固定资产需要满足以下条件：①该固定资产用于增值税应税项目或同时在应税项目与非应税项目间混用;②可抵扣进项税的固定资产有：使用期限超过12个月的机器、机械、运输工具以及其他与生产经营有关的设备、工具、器具等;③应取得符合要求的扣税凭证;④业务发生及扣税凭证时间都在2009年1月1日以后;⑤在企业账面上按固定资产核算。
用于非增值税应税项目、免征增值税项目、集体福利或者个人消费的设备，以及纳税人自用的应征消费税的摩托车、小汽车、游艇，其进项税额不得抵扣;根据财税[2009]113号文件规定，在《固定资产分类与代码》(GB/T14885-1994)中代码前两位为“02”的房屋和前两位为“03” 的构筑物，土地附着物，以及以建筑物或者构筑物为载体的设备和配套设施，如：给排水、采暖、卫生、通风、照明、通信、煤气、消防、中央空调、电梯、电气、智能化楼宇设备均应作为建筑物或者构筑物的组成部分，其进项税额不得在销项税额中抵扣。
2.建设企业自行采购的工程物资(俗称甲供材)的进项税额抵扣问题。
工程物资一般包括两类，一是为建造房屋、构筑物等不动产所用的工程物资，一是为安装设备所使用的工程物资。
用于建造建筑物、构筑物等不动产所购进的工程物资，其进项税不能抵扣，计入工程物资价值。为安装设备所使用的工程物资，如果用于可以抵扣进项税的设备安装，该工程物资进项税也可以抵扣。企业为购进设备和工程物资支付运费中的进项税也可比照上述原则处理。
一次大批量购进的工程物资，购入时还无法辨别是否用于可抵扣进项税设备安装时，可以先认证留抵，等以后领用时，再将用于不动产和不可抵扣进项税设备安装的部分，凭工程项目领料单作相应的进项税额转出处理。
如果可抵扣进项税的设备及其所用工程物资，发生了因管理不善造成的非正常损失(被盗、丢失、霉烂变质)，也要作相应的进项税额转出处理。
