一、收入种类繁多，避重就轻混淆税种交纳
连锁超市经营方式一般分为专柜经营和自营。专柜经营采取引进手工作坊或者特色商品销售，由超市统一收款。超市与专柜供应商签定合同，规定供应商每期应达到的最低销售额，如达不到则由该供应商补足或者撤场。月末结算供应商开具进项票时增大扣点，即供应商按实际销售额少开金额。因此一些供应商为能继续在超市经营，在没有达到最低销售额的情况下，按照最低销售额开具增值税专用发票，造成虚假的销售，无形中增加了超市的当期进项税额，降低了税负。
自营收入主要来源超市的商品销售收入和其他业务收入。其中其他业务收入种类繁多，包括：进场费、广告促销费、上架费、展示费、平销返利等等。国税发(2004)136号文件规定
1、对商业企业向供货方收取的与商品销售量、销售额无必然联系，且商业企业向供货方提供一定劳务的收入，例如进场费、广告促销费、上架费、展示费、管理费等，不属于平销返利，不冲减当期增值税进项税金，应按营业税的适用税目税率征收营业税。
2、对商业企业向供货方收取的与商品销售量、销售额挂钩(如以一定比例、金额、数量计算)的各种返还收入，均应按照平销返利行为的有关规定冲减当期增值税进项税金，不征收营业税。由于上述文件对不属于平销返利的收入没有明确的解释和划分，如上架费、展示费实际操作中均和商品销售量、销售额高低有联系，因此各类超市极容易将各类其他业务收入交纳营业税，甚至将属于平销返利收入以上架费、展示费、管理费的名义交纳营业税。
针对以上问题我们认为收入管理是连锁超市税务征管和稽查的基本点。加强对专柜经营供应商监管，将专柜经营纳入税务登记管理范围，要求其向超市主管税务机关报送各类财务资料，接受超市主管税务机关的监管。
加强超市其他业务收入的评估审核，进一步明确各类收入的内涵和外延，要求超市提供和供应商的供销合同进行备案管理，明确收入标准，对恶意混淆收入的纳税人比照《征管法》第三十五条第六款、《增值税暂行条例实施细则》第三十条的规定征收增值税。
二、发票管理不规范，“富余票”现象制肘增值税专用发票管理
目前连锁超市使用的发票主要有三种：收银机开出的卷式发票、大额普通发票、增值税专用发票。消费者个人购买商品时开具卷式发票;企、事业单位可以根据卷式发票换开普通发票或者增值税专用发票。由于商业超市增值税交纳依据是实际的销售额，不是开具发票的金额。申报数额往往大于开具发票的金额，因此产生了“富余票”的现象，而目前的“票、表稽核”只是针对纳税人开具发票是否申报纳税进行核查，不能杜绝“富余票”。“富余票”现象的出现为连锁超市代开发票提供了空间，也为增值税专用发票的管理提出了问题。
为此，连锁超市增值税专用发票的管理应该成为发票管理工作的重点之一。我们认为首先应当加强连锁超市增值税专用发票使用数量的管理，严格控制超市专用发票使用数量和限额，超过规定数量的一律不预批准。其次，在发票开具上要求连锁超市收银机开票必须打印客户名称以便换开时核对，可以采取企、事业单位专机开票形式。在换开增值税专用发票时，严格要求换票方提供盖有一般纳税人戳记的税务登记证(副本)原件并复印留存备查，在换开时还要提供销售柜台的购货证明(可用卷式发票代替)，并将其购货证明附在开具的增值税专用发票存根联后面。最后，在换开内容上严禁开具用于个人消费和福利用品如：食品、烟、酒等等。
三、会计电算的实行和核算资料的高度集中管理，给税收征管加大了难度
在会计核算管理上，当前连锁超市采取购买或自行开发企业管理信息系统、财务管理系统来加强对企业经营过程的系统控制。根据《征管法》第二十条规定，从事生产经营的纳税人的财务、会计制度或者财务、会计处理办法和会计核算软件，应当报送税务机关备案。而这一规定在实际执行中存在三个问题：一是企业使用的财务软件以及各系统管理软件种类多样，各种财务数据归集及生成方法不一致，各类明细帐格式也不统一，给日常税务管理和税务稽查带来难度;二是会计核算软件报送备案规定执行不到位。在使用计算机记账的纳税人中，很少有企业向税务机关报送备案，而税务机关对此的管理也比较薄弱;三是目前多数财务软件都允许设置多个“帐套”，分别进行加密，各“帐套”之间的会计资料(如记帐凭证)可相互传递、取舍。而且对各帐套文件的存储无任何限制，既可存储在本机硬盘中，也可通过网络存储在其它硬盘、磁带、光盘等存储介质中，并可在已知密码的前提下，实行信息共享。这就为企业设置多套帐偷税、逃避税务检查提供了便利。
在财务账册数据管理上，目前连锁超市实行高度集中化管理，以好又多和欧倍德为例，其原始财务资料和会计核算均在总店上海，连锁门店只负责货款结算和财务资料的传递，只有进入其网络才能查询或处理数据(如输出会计报表等)。因此，税务机关进行日常的稽核时不能及时掌握纳税人的资料，需要企业提供的统计数据和财务数据，可能须事先通知他们准备或者临时生成。这样，企业提供的数据的真实性、全面性则取决于企业。除此之外，税务机关在进行纳税检查时，需要到核算地开展工作，增加了税收成本。
有鉴于此，我们认为要重视企业会计软件的报送备案制度，对未按规定报送的，应严格按照《征管法》规定进行处罚。进一步规范并细化财务核算软件备案制度。明确企业报送财务软件的资料必须包括财务软件的名称、功能、整个系统的操作程序、各环节数据来源等具体内容;企业必须每年将各门店的财务帐册打印成纸式的帐簿并由各门店保存，以备税务机关审计或检查;企业财务软件升级或主要功能改变，应及时向税务机关备案。加强税务人员对企业财务软件和企业管理信息系统的学习和认识，熟悉并掌握财务软件的操作和审阅方法。
现行《征管法》对纳税人帐簿、凭证的设置和保管期限提出了明确的要求，但对保管地点没有做明确规定，建议税务机关对纳税人帐簿保管地点做明确规定。
四、地方政府的行为影响税收政策的执行
随着国外的各个跨国商业巨头的涌入，他们的经营方式主要采取在不同行政区域，建立多个门店开展连锁经营活动。如：好有多在南京秦淮、鼓楼、栖霞设立了三个门店、欧倍德在雨花、栖霞有两个门店，这些门店都由其在中国地区某一个总店管理，实行统一采购配送商品，核算地集中在总店，统一规范化管理和经营。
财政部、国家税务总局1997年发出了《关于连锁经营企业增值税纳税地点问题的通知》(财税字[1997]97号)。该通知规定跨地区经营的直营连锁企业，即连锁店的门店均由总部全资或控股开设，在总部领导下统一经营的连锁企业，凡采取微机联网，实行统一采购配送商品，统一核算、统一规范化管理和经营，并经有关部门批准，可由总店向其所在地主管税务机关统一申报缴纳增值税。但对自愿连锁企业，即连锁店的门店均为独立法人，各自的资产所有权不变的连锁企业和特许连锁企业，即连锁店的门店同总部签订合同，取得使用总部商标、商号、经营技术及销售总部开发商品的特许权的连锁企业，其纳税地点不变，仍由各独立核算门店分别向所在地主管税务机关申报缴纳增值税。而(财税[2003]1号)文件又明确了符合一定条件的连锁经营企业所得税，可由总机构向其所在地主管税务机关统一缴纳，连锁企业的纳税地点问题得到了解决。
在我国目前的财政体制下，地方政府根据税源经济政策对各部门确定税源考核指标，因此他们感到连锁企业门店在本地经营却在外地纳税，大多采取不支持态度，结果绝大多数连锁企业只能把理应统一管理、统一核算的店铺，在各地注册成一个个独立的企业法人。这种做法不仅使连锁企业不能在众多的新老店铺、经营效益好与差的店铺之间统算盈亏，实际上增加了企业的税负，而且每个店铺都是纳税单位，要增设财务人员，增加了管理环节和费用。纳税地点问题，已经成为当前连锁企业发展的重要障碍。
建议地方政府改变目前税源经济的考核方法，避免到处挖税源抢税源的行为发生，同时财政部门可以根据连锁经营企业的具体情况，对各门店交纳的税收在地方财力分配上按一定比例进行分配。这样，可以降低税源经济对连锁超市纳税地点的影响，国家的税收政策才能真正得到贯彻实施。
