首先，大部分发行商会在提供的代码中插入类似“由XXX(发行商)提供”等字样的标志，并在网页上有指向该发行商网址的链接，这种情况对于非商业性网站或者个人主页来说，也许没有什么影响，但是，对于商业网站，有时会严重影响企业形象，正如使用免费邮箱和免费网页空间对企业造成的影响一样。因此，商业性网站应慎重，不能因为贪图便宜而伤害到自己企业的形象。通常，通过和发行商的联系和协商，在达成一定协议的条件下，这种情况是可以解决的。
第二，也许是最麻烦的一点，当用户输入邮件地址，并点击“订阅”或“提交”按钮后，反馈的是发行商服务器上的确认内容，确认订阅的邮件通常也是直接来自发行商的邮件服务器，这样不仅会给用户造成一种错觉，似乎是点击错误而进入了一个不相干的网页，而且，确认页面通常没有可以返回到刚刚浏览网站的链接。解决这个问题的办法，只有和发行商协商为你订制一个专用的反馈页面，或者选择一个可以提供自己订制反馈页面的发行平台。不过，据了解，目前国内还没有具备这种功能的邮件列表发行平台。
第三，无法预计的插入广告。第三方邮件列表发行商吸引其它网站利用其发行系统的主要目的是向邮件列表中的用户投放广告，作为交换条件，你利用我的发行系统，我在你的邮件中放一些广告，在本来是互惠互利的合作，但是在某些情况下，由于无法知道发行商将要在邮件中投放的广告数量和字节大小，可能会造成邮件字节数过大而收到用户投诉，或者，如果邮件内本来已经包含广告，再加上发行商投放的广告而显得广告数量过多，并有可能影响整个邮件的美观。
第四，管理和编辑订户资料不方便。各发行平台大都不同程度地存在着这样或那样的问题，与采用群发邮件方式相比，通常要麻烦一些。例如，无法查看每天加入和退出用户的详细资料、不能批量导入或导出用户资料、不能获取发送不到的用户地址的详细信息等等。
除了上述几种主要不方便或不利之处外，也有的发行系统会设立用户人数限制、遭受某些邮件服务器的屏蔽、发行系统功能缺陷等，需要在实际运用中认真测试和跟踪，并及时排除因邮件列表发行系统可能带来的影响。
实践证明，采用第三方邮件列表发行系统的确存在各种各样的问题，因此，在选择服务商时需要慎重，同时考虑到将来可能会转换发行商，要了解是否可以无缝移植用户资料，同时还要考察服务商的信用和实力，以确保不会泄露自己邮件列表用户资料，并能保证相对稳定的服务。
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