当前政府采购效率低的问题越来越突出，如果不切实解决这些问题，则会影响政府采购的继续推行和效果。政府采购的低效主要表现在以下几个方面：
1.政府采购管理部门职能划分不清，影响采购单位的工作。
当前中国各级地方政府采购部门基本都是设立在各级政府财政部门的一个科室或是其下属部门，直接受财政主管部门的领导，由于管理部门和采购执行部门未完全分开，再加上政府采购还涉及到其他相关部门，因此这种机构的设置会引起职能划分不清，出现相关单位和部门的权利“越位”或“缺位”。特别是主管部门的相关领导话语权太重，这使得部分官员贪污腐败有机可乘，他们的喜好直接影响了政府采购资金最后的流向。导致的后果是财政支出的规模越来越大，中央及省级财政负担越来越重，但是急需政府采购货物、工程或服务的单位由于“门路不广”等原因得不到财政主管部门的审批，享受不到政府采购的“阳光雨露”，影响其办公效率，甚至影响其正常事务的开展和运行。
2.政府采购人员素质不能满足采购要求。
政府采购不同于一般的商业采购，它涉及的部门多、环节多以及由于采购的货物、工程和服务的范围广，因此对于采购人员来说这是一个巨大的挑战。任何采购人员不可能对采购的各个环节和采购所涉及的领域都了解的很清楚，特别是在涉及专业性很强的政府采购中，采购人员往往只能听任提供货物或服务单位的一面之词而无辨别能力，导致采购的有些货物、工程或服务存在严重的质量问题，影响相关单位的利益，甚至存在涉及人身安全和百姓切身利益的“豆腐渣”工程。此外，由于政府采购资金不是采购人员的私人资金，所以“不是自己的孩子不心疼”，采购人员在采购过程中也往往追求自己的一己之利，而不注重资金的节约，浪费现象严重。
3.采购规模小，形不成规模效益。
在当前的政府采购过程中，各行政单位所需采购的货物和服务等由于各自单位的工作性质和行业要求不同，所采购的规模和标准也不一。有些单位的采购规模大，但目前更多的是一些小宗采购，例如一些单位如学校的的教学用具、实验仪器等由于耗损大，需要经常性的采购。按照正常的政府采购步骤，需要经过的环节多，无形中会增加成本，特别是对于急需使用而又规模小的采购来说，这也会严重影响政府采购最后的效果，也形不成规模效益，反而使得成本更高。
4.采购计划的编制和执行存在随意性。
中国当前政府采购是中国公共财政的重要组成部分，根据《中华人民共和国政府采购法》第一章第2条的规定，政府采购资金是财政性资金，而财政性资金由财政预算资金和预算外资金组成。因此，各级政府特别是地方政府财政部门的财力差异决定了政府采购资金的差异，当财政收入充裕时，可以保证预先制定的政府采购计划的顺利执行，而当财政收入“歉收”时，只能优先满足“缺口”比较大的其他支出，政府采购资金就会被挤占。特别是中国当前的政府采购预算的审批时间长，如果在审批的过程中，发生新的采购需求，则需要进行追加预算，而这需要更烦琐和复杂的手续，需要等待更长的审批时间。正是因为这种原因，许多单位在制定采购预算时，制定的采购计划比较粗，在执行的过程中随意性比较大。
5.政府采购缺乏事后监督和约束。
在中国当前的政府采购中，政府采购部门往往只关心的是每年的政府采购是否顺利进行，政府采购资金是否到位，更有部分政府采购主管部门只关注“面子工程”、“政绩工程”，而对事后的政府采购效果和是否发挥出其应有的作用却未投入足够的重视和监督。导致的后果是往往政府采购的质量和使用期限甚至还不如市场提供的，在民间甚至还有着政府采购是“价格高、质量差、周期长”的说法。这都折射出中国当前政府采购事后的监督和约束机制的缺失，从而造成了相关部门和单位“跑、挣、要”政府采购项目的现象，以政府采购的名义用来套取财政资金用于其他方面的支出。
6.存在一定的地方保护主义。
随着政府采购的不断推进和发展，采购资金占财政支出的比重也越来越大。特别是近年来，政府采购的规模日趋扩大，这样使得各家企业和单位都把目光聚焦到了政府采购这块“肥肉”上来。同时，各级地方政府为了保障本地财政收入，把采购的重心放在本地企业上。一方面完成了采购任务，另一方面也保护了本地企业，免受外地企业的冲击。但这种地方保护主义，不仅不利于这些企业的长远发展，更影响政府采购效果，因为政府采购的范围广，本地企业生产的产品、提供的服务未必能适合需要采购的单位的需求，而地方保护主义的形成，也会打击外地企业参与的积极性，表面上看起来有利于当地经济发展的举措，从长远来看，实际上适得其反。
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