十九世纪
1802年海德堡划入巴登州，翻开了大学历史新的一页。海德堡大学重新组织后，成为国家财政支撑的教研机构。巴登州第一位大公卡尔·弗里德里希的名字被写入大学基金会的名单，从此，大学的全称成了“鲁普莱希特-卡尔斯-海德堡大学”。 大学受到新人文主义的影响，同时许多教授和学者也是浪漫主义思潮的追随者。哲学家黑格尔曾于海德堡执教两年;施罗塞尔建立了政治史科学的海德堡学派;医学家马克西米利安·约瑟夫·冯·切利乌斯更令全欧的患者慕名而至。海德堡的教授们屹立于自由主义的最前沿，许多人还是1848年法兰克福国民大会的议员。1848革命后，路德维希·霍伊塞尔(Ludwig Häusser)成为自由民族国家主义在德国西南部的代言人。海德堡大学的自然科学在罗伯特·本森，古斯塔夫·基希霍夫及赫曼·冯·赫姆霍茨等人的共同努力下闪耀着眩目光辉的19世纪，同时也是海德堡以法学闻名于世的时代。1886年海德堡大学度过了500年校庆。
二十世纪
在此期间，海德堡大学成为向世界开放的自由主义大学。这不仅表现在其外国学生的数量上，而且还表现在自20世纪初以来的所谓海德堡精神上：即由马克思·韦伯及其挚友、神学家恩斯特·特罗尔切连同其他一批年轻学者所倡导的跨学科的对话精神。
魏玛共和国
魏玛共和国时期的海德堡大学在大批知名学者如卡尔·亚斯波斯(Karl Jaspers)、古斯塔夫·拉德布鲁赫(Gustav Radbruch)、阿尔弗雷德·韦伯(Alfred Weber)等人的影响下成为了德国民主精神的桥头堡。来自美国的捐助帮助海德堡大学建立了新的大学园区，大学获得了新的精神：弗里德里希·共多夫称之为献身于鲜活的时代精神。不过这同样留下了一个阴影：它导致学生运动如此偏激，以至温和主义者埃米尔·共伯尔(Emil Gumbel)离开了海德堡大学。海德堡在这一时期的学术形象是由哲学系和法学系来代表的。不过鲁道夫·冯·科雷尔(Ludolf von Krehl)也以其全面医学的理念开创了新的道路。物理学家菲力普·雷纳德(Philipp Lenard)作为国家社会主义的支持者也在此影响了多年。
第三帝国
第三帝国的建立导致海德堡大学因政治和种族原因驱逐了一大批教师和学生。许多人流亡于外，两名教授成为了恐怖主义的直接牺牲品。大学本身的许多人都参与了在大学广场上发生的1933年德国焚书运动。受到政权追随者的影响，海德堡大学的“献身于鲜活的时代精神”不幸变成了“德意志精神”。许多人包括一些教授也加入了这一口号的追随者的行列。
联邦共和国
二战结束时，大学已遭到极大的破坏，亟须注入新的精神理念。在卡尔·亚斯波斯(Karl Jaspers)的带领下，海德堡大学制定了新的章程，规定大学有义务“服务于真理、公平及人文主义的活的精神”。重建后的大学校园布局是：自然科学与部分医学科系位于Neuenheimer Feld的新校区，而人文社会科学院系则仍然保有位于老城的校园。 这些改革改变了迄今为止的大学结构。大学自成立以来一直由四大院系(神学、法学、哲学、医学)组成，直至1890年增加了自然科学作为第五个科系。而1969年大学划分为16个院系。学生数量也持续增加 - 在1986年(600年校庆时)海德堡大学有27.000名在册大学生。大学生群体是海德堡这个小城令人瞩目的一族。 海德堡拥有众多外国人口的传统也在战后得以保持。尽管人数众多，海德堡大学一直将教学与研究的统一视为己任。
学潮时期
德国的学潮影响在海德堡来得颇晚。运动先是围绕公车票价及大学生参与学校管理。同时海德堡一直明确抵制越战。在许多会议上还讨论了关于政治代表的问题，即学生参与一般政治活动权利的问题。部分教授及州政府、基督教民主联盟党的学生组织都大力反对这种权利，而社会主义德国学生联盟及大部分学生团体则支持这一权利。紧急状态法与学生权利在许多辩论中成为交织在一起的话题。
九十年代以后
过去十几年，海德堡大学通过一系列科研方面的校际交流合作，在医学、神经生命科学、物理学、数学与信息学、法学与大众经济学等学科取得了良好的声誉。作为第一所德国大学，海德堡大学在海外如埃及、智利与美国马萨诸塞等地建立了分校，以拓展学校的知名度。
今日现状
今天，海德堡大学的构成是：自然科学、体育科学及大部分医学科系均坐落在Neuenheimer Feld的新校区，而人文社会科学的院系如法学院及校长办公室和大学管理楼则位于海德堡的老城区。大学的其它一些机构散落在海德堡的市区及周边地区。
专业设置
神学系：有科学神学专业和实用神学专业，前者包括新约、教堂史、基督教考古学、教职知识、系统神学等课程。此外还有基督教研室和基督教主祭研究室。
法学系：有法学、外国和国际私法与经济法、法学史、社会经济法、刑事法、财政税和德国与欧洲管理法等专业。[1]
医学总系：下有各类专业和系。它们是自然科学医学系，有解剖学和细胞生物、生理学、实验用动物学、生化、医学史等专业;理论医学系，有医学法、人类遗传学与人类学、病理学、卫生学、免疫学与血清学、医学生物统计学与信息学、工作社会医学等专业;临床医学系I，有医学门诊、普通病理解剖学、外科临床、麻醉学、神经外科、妇科、儿科和矫形外科等专业;临床医学系Ⅱ，它有神经病学、心理学、心身医学、眼科、皮肤科、放射学、口腔学等专业，后期临床医学系，设有普通医学、眼科、外科、妇科、耳鼻喉科、皮肤科、麻醉学和外科手术医学、医学微生物和卫生学、临床放射学、药物学和毒剂学、儿科临床、临床化学、内科临床、医学临床、医学统计、生物数学与信息处理学、神经病学、矫形外科学、病理学、泌尿外科学和精神健康学等等专业。
哲学历史系：有哲学、历史、东欧历史、政治学、艺术史学等专业。
东方学与古代学系：有东方语言、埃及学、汉学、日本学、古典语文学、早期史学、古代史和考古学等专业。
新哲学系：有日耳曼学、英国语言文学、罗马学、中世纪和新时代拉丁哲学、斯拉夫语、语言学、口译和笔译、作为外语的德语等等专业。
经济学系：有国际经济和社会统计比较学、社会学史和经济史等专业。
社会行为学系：有心理学、社会学、运动学和老年病学等专业。
自然科学-数学总系：专业包括数学系(数学和应用数学两个专业)、化学系(有机化学、无机化 学、物理化学等专业)、药剂学系(有药物化学、药物生物学、药物技术和生物药剂学等专业)、物理与天文学系(有应用物理学、物理学、环境物理、高能物理、理论物理和理论天文物理学等等专业)、生物学系(有生物化学、植物学、系统植物与植物地理学、植物园学、动物学、微生物学、分子遗传学、神经生物学、细胞学和生物医学等等专业)、地壳学系(有地质古生物学、矿物岩类学、沉积物研究学、实验室地质年份研究学和地质学等专业)。
研究教学
该校主要研究方向：生物化学、解剖学、生理学、医学史、社会医学与劳动医学、比较病理学、病毒学、普通病理学与病理解剖学、法医学、药理学与病理学、卫生学、医学生物统计学、人类学与人类遗传学、儿科学、矫形术、儿童外科学、内科学、妇科学、神经外科学、实验外科学、泌尿学、耳鼻喉科学、眼科学、精神病学、牙科学、应用数学、数学与数理逻辑、物理化学、应用物理化学、有机化学、无机化学、生物化学、药物化学、药物技术、天文学、理论天体物理学、应用物理、高能物理、分子遗传学、植物学、神经生物学、微生物学、细胞生物学与生物电子显微学、动物学、矿物学与岩石学、地质学与古生物学、德国公法、外国公法、国际法、民法、商法、劳工法、犯罪学与刑法、宪法与行政法、政治学、音乐、哲学史、中世纪史、东亚艺术史、理论经济学、农村开发、心理学、教育学、社会学、地理。
